| Aseri Spordiklubi | 80061300 | Viru-Nigula | | 3 |
| Emmaste Spordiklubi ERNST | 80381967 | Hiiumaa | | 3 |
| FC Doker MTÜ | 80609620 | Tallinn | | 1 |
| FCI Levadia MTÜ | 80053192 | Tallinn | | 1 |
| Haabersti Jalgpallikool MTÜ | 80587195 | Tallinn | | 1 |
| Infonet JK MTÜ | 80348214 | Tallinn | | 1 |
| Jalgpalliklubi "Lootos" | 80031013 | Põlva | | 1 |
| Jalgpalliklubi "Merkuur-Juunior" | 80093151 | Tartu linn | | 1 |
| Jalgpalliklubi Ajax TLMK | 80100885 | Tallinn | | 1 |
| Jalgpalliklubi FC Ararat | 80302287 | Tallinn | | 1 |
| Jalgpalliklubi FC Ararat Jalgpallikool | 80645892 | Tallinn | | 2 |
| Jalgpalliklubi FC Elva | 80134163 | Elva | | 1 |
| Jalgpalliklubi FC Järva-Jaani | 80556527 | Järva | | 1 |
| Jalgpalliklubi FC Kuressaare | 80052525 | Saaremaa | | 1 |
| Jalgpalliklubi FC Mulgi | 80009379 | Mulgi | | 1 |
| Jalgpalliklubi FC Nõmme United | 80620509 | Tallinn | | 1 |
| Jalgpalliklubi FC Otepää | 80224400 | Otepää | | 1 |
| Jalgpalliklubi FC Peipsi United Junior | 80570259 | Peipsiääre | | 1 |
| Jalgpalliklubi FC Puuma Jalgpallikool | 80559158 | Tallinn | | 1 |
| Jalgpalliklubi FC Reaal | 80056894 | Tallinn | | 1 |
| Jalgpalliklubi FC Tarvastu MTÜ | 80376825 | Viljandi vald | | 1 |
| Jalgpalliklubi FC Valga | 80414603 | Valga | | 1 |
| Jalgpalliklubi FC Warrior | 80279720 | Valga | | 1 |
| Jalgpalliklubi FCF | 80052376 | Tallinn | | 1 |
| Jalgpalliklubi FCF Jalgpallikool | 80059220 | Tallinn | | 1 |
